便利店纳税的步骤和注意事项如下：
注册税务登记
便利店需在开业后30日内到当地税务机关办理税务登记。
选择税种
便利店可选择增值税一般纳税人或小规模纳税人。一般纳税人适用增值税率13%，小规模纳税人适用3%的简易征收率。
做账报税
便利店需根据实际情况进行会计核算，按照规定期限（一般为一个季度）进行纳税申报。
预缴税款
便利店在申报期限内，需预缴一定比例的税款。
纳税申报
便利店在规定期限内，向税务机关提交纳税申报表和相关资料。
税款缴纳
便利店根据税务机关核定的应纳税额，按时足额缴纳增值税。
其他税费
除了增值税外，便利店还需交纳城建税、教育费附加税和地方教育费等。具体税率如下：
增值税：一般纳税人13%，小规模纳税人3%。
城建税：按交纳增值税的7%（县城、镇为5%、乡、乡村为1%）交纳。
教育费附加税：按交纳增值税的3%交纳。
地方教育费：按交纳增值税的1%交纳。
免税额度
月销售额不超过15万元或季度销售额不超过45万元的便利店，增值税是可以免征的。如果超过了这一限额，则需要按照超过部分的一定比例缴纳增值税。
报税方式
大多数便利店会选择采取核定征收的方式。税务局会根据实际情况核定一个营业额，超过该营业额的部分将按照相应的税率缴纳税款，低于该营业额的部分则可以零申报。
抄报税和清卡
纳税人在征期内需要进行抄报税和清卡操作。具体流程为：
抄报税：纳税人登录开票软件抄税，并通过网上抄报或办税厅抄报，向税务机关上传上月开票数据。
纳税申报：纳税人登录网上申报软件进行网上申报，并通过税银联网实时扣缴税款。
清卡或反写：申报成功后，纳税人再次登录税控系统进行清卡或反写。
建议便利店在开业后尽快办理税务登记，并根据自身经营情况选择合适的税种和报税方式，确保按时足额缴纳税款，避免因违反税务规定而产生不必要的罚款和滞纳金。