如果您的企业被认定为违章建筑，可以采取以下措施来应对：
审查自身合法性
收集相关合法证据，例如当年政府部门同意建设的文件等，以证明企业建筑的合法性。
审查政府行政行为的合法性
认定违章的依据、程序等，确保政府的行为符合法律规定。
聘请专业律师
介入案件，给拆迁方施加压力，将僵局打破，拉回谈判桌。
搜集强拆证据
在专业律师的指导下，做好搜集报警、拍照、录像等强拆证据的准备。
申请复议或提起行政诉讼
通过申请复议或者直接提起行政诉讼进行权利救济，维护企业的合法权益。
协商解决
与政府进行协商，让其自行拆除违建，或者协商拆迁方案，以减少企业和国家的损失。
政府配套措施
政府可以提供合法的建设渠道，简化审批流程，降低建设成本，鼓励企业进行合法合规的建设和经营活动。
公开披露
政府可以通过公开媒体等渠道披露违建企业的情况，给予舆论监督，以形成舆论压力，促使企业合法拆除违建。
加强监管和执法
政府应当加强对工业企业的监管和执法力度，及时发现和处理违建搭棚行为，并对相关企业进行处罚。
教育引导
政府应当加强对企业的法律法规宣传教育，提高企业法律意识和合规意识，以减少违建的发生。
自行拆除重建
企业自行拆除违建厂房，并按照审批程序重新建造符合规定的厂房，以避免进一步扩大违建面积。
合法化改建
企业可以委托相关设计、审批、施工单位对违建厂房进行改建，使其符合相关法律、法规和规定的要求。
补缴违建罚款
企业可以补缴违建罚款，这是一种经济补偿方式，罚款金额根据违建情况的严重程度和违建面积等因素而定。
归还违建面积用地
企业可以将违建用地归还给政府或相关部门，以补偿他们经济上的损失，这需要企业与政府或相关部门协商达成一致，并签署相关补偿协议。
其他形式的补偿
根据实际情况，企业还可以与相关利益相关方协商，以其他方式补偿，例如向周围的居民支付经济赔偿或提供其他福利。
综上所述，处理企业拆迁违建可以通过法律途径、协商解决、政府配套措施、公开披露、加强监管和教育引导等多种方式来进行，不同的情况可以采取不同的处理方式，以达到公平、合法、有效地处理问题的目的。