当店长离职时，作为第二负责人，你可以采取以下步骤来确保流程顺利进行：
提前通知
根据《劳动合同法》，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。试用期内提前三日通知即可。
沟通与安抚
作为第二负责人，你需要从员工的角度出发，先认同员工的感受，再介绍当前的现状，帮助员工从情绪中解脱出来。
强调团队意识和感情牌，适当地将企业的目标和蓝图向员工进行讲解，给员工更多的希望和动力。
办理离职手续
劳动者在解除劳动合同时，用人单位应当出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
处理纠纷
如果老板不配合办理离职手续，可以通过申请仲裁或诉讼解决。不及时处理可能影响新工作的入职及社保等权益。
建议重新提交书面离职申请，并保留证据。与老板协商，要求按法律规定办理离职。如果协商不成，可以向劳动仲裁机构申请仲裁；仲裁不满可向法院提起诉讼。
预防措施
确保店里有可以接手的储备人员，并在入职前签订合同及协议，对店长的行为有所约束。
如果之前没有这样做，最好与将离职的店长进行面谈，征求意见，避免员工带着抱怨离开。
通过以上步骤，你可以确保店长离职的过程顺利进行，同时维护企业和员工的权益。