当企业的进项发票被认定为失控状态时，通常需要按照以下步骤进行处理：
确认失控原因
检查是否存在系统问题、认证失败、记账凭证不完整、报表异常或差错报告异常等问题。
报告税务机关
将失控发票的抵扣联原件报告给税务机关，如果已经抵扣，需进行进项税额转出。
联系销货方
核实销货方造成发票失控的原因，并督促其依法申报缴纳税款。
协查程序
根据《国家税务总局关于失控增值税专用发票处理的批复》（国税函〔2008〕607号），购买方主管税务机关应将失控发票移交稽查部门组织协查。
如果销售方已申报并缴纳税款，可由销售方主管税务机关出具书面证明，通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
账务处理
对于未抵扣的进项税额，应计入成本。
处理分录可能包括：
```
借：库存商品或成本费用
贷：应交税费-进项税额转出
```
遵守规定
根据《国家税务总局关于建立增值税失控发票快速反应机制的通知》（国税发〔2004〕123号），防伪税控系统会对失控发票进行自动比对，并按规定处理。
请根据具体情况，遵循税务机关的指导和相关法规，妥善处理失控发票的问题。