南京门慢（门诊慢性病）的办理流程通常包括以下几个步骤：
医院就诊
参保人员在指定的三级定点医疗机构就诊，对于高血压Ⅱ、Ⅲ期和糖尿病1、2型，二级定点医疗机构也可办理。
活动性肺结核患者可在专科定点医疗机构进行认定。
申请“门慢”登记
患者在医院相关科室由专科副主任以上医师按规定的准入标准进行认定，并填写《门诊慢性病准入申请表》（一式两份）。
医院医保办审核并盖章确认。
办理“门慢”登记
患者或用人单位将经过医院审核的《门慢申请表》及相关医疗文件（如病历、检查报告单原件）提交至医保经办机构。
享受医保“门慢”待遇
经医保经办机构审核通过后，患者可以在选定的定点医院和药店享受门诊慢性病的医保待遇。
请注意，以上流程可能会根据最新的政策和实际情况有所调整，建议直接咨询南京市的社会保险经办机构或相关医疗机构获取最新信息