处理已认证发票作废的问题，请按照以下步骤进行：
联系开票方：
确认发票作废的原因，并了解是否需要开具红字发票。
提交申请：
向税务机关提交作废申请，并提供必要的申请材料，如发票原件、认证结果通知书、《开具红字增值税专用发票信息表》等。
等待审核：
税务机关审核资料，审核通过后，会在发票上加盖作废戳记。
处理进项税额：
如果发票已用于抵扣税款，需要按照规定补缴相应的税款。
重新认证：
根据税务机关的指示，在税务系统中重新认证或开具红字发票。
销毁作废发票：
收到税务机关的作废批复后，将作废发票全部销毁，确保安全。
保存记录：
妥善保管所有相关凭证和单据，以备税务机关查验。
请确保遵循税务机关的具体要求和流程，以免影响税务合规性。如有疑问，建议直接咨询当地税务机关