跨省合作医疗保险的报销流程通常包括以下几个步骤：
异地备案
长期异地居住或工作的人员需要提前办理异地备案手续。
备案时，需填写医保异地工作或居住人员备案表，并携带身份证、社保卡、居住证明等材料到参保地的医保经办机构办理。
就医
携带患者身份证、新农合医疗证和转诊备案手续到指定的转诊医院就医，并办理新农合住院手续。
出院结算
如果医疗机构支持跨省直接结算，患者支付个人自付部分后，医院会与新农合进行直接结算。
如果不支持直接结算，患者需先全额垫付医疗费用，然后回参保地报销。
报销材料
出院后，患者需准备以下材料进行报销：
患者身份证或户口簿
新农合医疗证
住院费用清单
住院收费发票或住院结算单
出院小结或病历复印件
转诊备案手续
报销流程
患者可将齐全的资料寄给委托人代为办理，或者亲自回户口所在地的新农合经办机构进行报销。
经办机构在接收完备资料后进行录入、审核和结算补偿，对省外就医的实行保底补偿。
注意事项
患者应在住院后的一定时间内（如三日内）到医院确诊并办理新农合备案手续。
出院后，患者应在规定时间内（如十个工作日内）完成报销。
以上步骤和注意事项可能因地区而异，具体流程和要求建议咨询当地医保经办机构或通过官方提供的服务平台了解最新信息。