增值税一般纳税人支付运输费用时，可以根据以下方式抵扣进项税额：
1. 使用增值税专用发票：从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税额，可以按照规定的扣除率进行抵扣。
2. 使用海关进口增值税专用缴款书：从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额，也可用于抵扣。
3. 使用完税凭证：从税务机关或者扣缴义务人取得的代扣代缴税款的完税凭证上注明的增值税额，同样可以用于抵扣。
4. 运费发票计算：根据运费发票所列运费金额乘以规定的扣除率（如11%或7%）计算抵扣进项税额。
请注意，计算抵扣进项税额时，通常不包括随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费。