南京办理土地证的流程如下：
申请登记
由用地者到市国土资源局地籍股填写土地登记申请书。
提交申请人身份证或户口簿和建设用地许可证、建筑许可证、房产证等土地权属来源证明文件。
地籍调查
由国土资源局派人到实地调查，全面核实土地登记申请的内容，计算宗地面积，绘制宗地图。
权属审核
由国土资源局专职人员对申请登记的土地权属性质、用途、权属来源、宗地面积等进行审核。
注册登记
填写《土地登记卡》、《土地归户卡》和《土地使用证》。
颁发土地证书
申请人凭身份证和《土地使用登记收件单》，领取《土地使用证》。
建议：
办理土地证时，建议提前准备好所有需要的文件，并按照流程逐步办理，以确保顺利拿到土地证书。
如果遇到任何问题，可以及时咨询当地国土资源局或相关机构获取帮助。