在审计过程中发现假发票，可以采取以下措施来处理：
了解和熟悉发票种类
熟悉我国发票的种类，包括普通发票和增值税专用发票，了解其使用对象和范围。
锁定假发票产生的重点领域
根据购买商品种类确定发票类型，发现假发票。
关注业务性质，如会议费、咨询费、宣传费及办公用品等名义套取资金的业务，予以高度关注。
留意税务代开发票的情况，特别是税务机关代开的发票。
运用多种技术手段查询
利用网络查询，通过各级税务网站输入发票代码、发票号码及验证码等相关信息查询发票真伪。
拨打当地12366纳税热线，向税务机关咨询。
与税务部门积极沟通
主动配合调查，提供购买合同、付款凭证等相关证据和资料，证明购买行为的真实合法性。
如果已经将假发票作为税务申报材料提交，应及时向税务部门申报更正，并支付相应的税款和罚款。
与发票开具方联系
要求发票开具方出具真实发票，并承担相应的赔偿责任。
报警并举报
如果发现自己被骗，应及时报警并向相关部门举报，维护自己的合法权益。
建立相关记录
对发现的假发票进行彻底审计，确定其是否合法发行，并及时记录相关情况，向管理层报告。
采取补救措施
如果假发票还未入账，可以要求经办人重新开具合规发票。
如果已经入账，应及时通知报销者或开票方重新开具合规发票，并在必要时向当地税务局举报。
通过以上措施，可以有效应对审计中发现的假发票问题，确保业务流程的合法性和规范性。