办理公司员工的入职健康证通常需要遵循以下步骤：
准备材料
员工的身份证原件及复印件。
个人免冠一寸彩色照片2张。
若员工属于单位食堂员工，可能需要提供食品卫生许可证复印件。
营业主体普通员工需提供单位劳务用工合同（劳动合同）复印件加盖公章，无公章的需法人身份证号和电话号码。
办理流程
员工携带上述材料到当地疾病预防控制中心或经卫生行政部门审批的医疗卫生机构进行办理。
填写健康检查表，贴上照片，并缴纳体检费用。
进行包括采血、肛检、内科、外科常规检查和X光胸透在内的各项体检。
完成体检后，参加卫生法规知识培训。
培训合格后，员工可在一周内携带照片和培训合格证明到办理处领取健康证。
注意事项
办理健康证前，应先进行健康查体。
办理健康证的费用由用人单位承担。
若员工有特定健康问题，如消化道传染病或皮肤病等，可能无法获得健康证。
办理电子健康证时，需通过体检信息采集窗口进行信息采集，并在查体后通过短信通知领取电子健康证。
请根据当地的具体规定和流程进行操作，因为不同地区可能有细微差别。