卖家运费险的扣费机制通常如下：
费用承担：
运费险的费用由卖家承担。
费用计算：
费用通常根据商品的实际重量和运费金额来计算，费率由保险公司和淘宝平台协议确定，一般以每单运费金额的一定比例为基础。
自动扣除：
费用会在卖家每次发货时自动从卖家支付宝账户扣除，优先扣除余额，余额不足时可能会扣除余额宝。
风险比例：
如果是首次加入运费险的淘宝商家，系统会根据前三个月的成交率和经营范围计算风险比例，并据此确定每笔交易的保费。
退货率影响：
如果店铺的退货率高，可能需要提高保费。
理赔：
退货后，保险公司会根据保单赔偿退货产生的单程运费给买家的支付宝账户。
请注意，以上信息以最新的参考信息为准，具体政策可能会有所变动。