在计算三方协议中的违约金时，通常遵循以下原则：
违约金数额：
根据《民法典》第五百八十五条的规定，违约金的数额通常不应超过实际损失的30%。
实际损失：
如果约定的违约金数额低于实际损失，守约方可以向法院申请增加违约金数额。
违约金调整：
如果违约金数额过高，违约方可以向法院申请减少违约金数额。
合同有效性：
三方协议在毕业生拿到用人单位正式入职后失效，失效后的三方协议不再适用违约金条款，而是由劳动合同替代。
公平合理原则：
法院在处理违约金问题时，会考虑违约金是否公平合理，是否过分高于或低于实际造成的损失。
请根据具体情况，参考以上原则进行计算。