当车辆在4S店发生自燃时，4S店的赔偿责任主要依据以下几个方面：
车辆质量问题
如果车辆在还未开出4S店或刚开出4S店就发生自燃，且确认为汽车质量问题，4S店应承担赔偿责任，赔偿金额通常为三倍于购买价格。
在质保期内，如果车辆因质量问题导致自燃，4S店在理论上应赔偿，但现实中举证困难，因此赔偿难度较大。
人为或客观原因
如果自燃是由于人为原因（如擅自改装电路、车辆事故、非法改装、不当使用、保养或维修等）导致的，4S店不承担赔偿责任。
保险赔偿
如果车主购买了汽车自燃险，保险公司会进行赔偿，但通常会有一定的免赔率，例如20%的绝对免赔率，即车主只能获得80%的赔偿，剩余部分需自行承担。
如果车辆在质保期内且自燃原因是质量问题，车主可以向品牌方索赔，如果4S店不予赔付，车主可以寻求法律途径解决。
法律途径
根据《中华人民共和国消费者权益保护法》，如果经营者提供商品或服务有欺诈行为，应按照消费者的要求增加赔偿其受到的损失，增加赔偿的金额通常为消费者购买商品的价款或接受服务的费用的三倍，不足五百元时则为五百元。
如果车辆自燃是由于产品缺陷造成的人身或财产损害，生产者应当承担赔偿责任，具体赔偿金额需双方协商或通过法律途径解决。
建议
购买保险：建议车主在购车时购买汽车自燃损失险，以获得更全面的保障。
收集证据：在发生自燃事故时，车主应及时收集相关证据，如消防报告、技术鉴定报告等，以便在需要时提供证明。
法律咨询：在处理赔偿问题时，建议车主咨询专业律师，以获得更准确的法律指导和帮助。
通过以上分析，车主可以更好地了解在车辆自燃情况下4S店的赔偿责任及如何维护自身权益。