报到证过期后，处理档案的方法如下：
回生源地报到
携带档案袋和报到证回到生源地的人力资源和社会保障局进行报到。如果档案需要存放在工作地的人才交流中心，则需要到省高校就业指导中心办理相关手续。
补办报到证
如果人才中心不接收过期的报到证，可以回到毕业院校申请补办新的报到证。补办的新报到证的签发日期将作为计算档案工龄的时间依据。
开具调档函
申请开具《调档函》，并将档案从原档案管理单位移交到人才交流中心。需要提供相关证明材料，如身份证、户口本、辞职或解除劳动合同的证明等。
法律依据
根据《流动人员人事档案管理暂行规定》第八条和第十条，人才流动服务机构凭有效文书向流动人员原单位开具调档函，原单位需在十五天内将档案完整移交，且不得扣留材料或分批转出。档案转递应通过机要交通或专人送取，不得邮寄或由本人自带。
注意问题
报到证过期后，毕业生依然可以将档案存放到人才中心，但需要先补办报到证或进行其他相关手续。
如果档案在个人手中保存或在无档案管理权的单位保存，需要先补办相关手续，完善档案材料后再移交到人才交流中心。
建议尽快根据个人情况选择合适的处理方式，以确保档案的顺利转移和保管。