税务机关发现偷税漏税的行为通常有以下几种方式：
举报
消费者、离职财务、竞争对手或合作伙伴等可能会向税务机关举报企业的偷税行为。
检查上下游企业
税务机关在调查某一企业时，可能会连带查出与其有业务往来的上下游企业存在的问题。
系统比对
利用税务机关的信息系统，如金税三期系统，对企业的各类报表和发票信息进行分析，比对涉税指标，发现异常。
实地稽查
对存在异常指标值或长期零申报、亏损的企业进行实地税务稽查。
账簿审查
检查企业账簿，查看是否存在伪造、变造、隐匿或擅自销毁账簿、记账凭证，以及多列支出或不列、少列收入的行为。
如果发现企业存在上述行为，税务机关将依法追缴税款、滞纳金，并可能处以罚款；如果构成犯罪，将追究刑事责任。