超时补贴的计算主要依据《劳动法》第四十四条的规定，并结合《工资支付暂行规定》第十三条，具体计算方式如下：
延长工作时间
如果安排劳动者延长工作时间，应当支付不低于工资的150%的工资报酬。
休息日工作且不能补休
如果安排劳动者在休息日工作且不能安排补休，应当支付不低于工资的200%的工资报酬。
法定休假日工作
如果安排劳动者在法定休假日工作，应当支付不低于工资的300%的工资报酬。
此外，根据《工资支付暂行规定》第十三条，对于经人社部门批准实行综合计算工时工作制的企业，如果综合计算工作时间超过法定标准工作时间的部分，应视为延长工作时间，并应按照不低于劳动合同规定的劳动者本人小时工资标准的150%支付劳动者延长工作时间的工资。
示例计算
假设某劳动者的月工资为10000元，加班情况如下：
工作日加班：加班8小时
休息日加班：加班1天（8小时）
法定休假日加班：加班1天
则各项加班工资计算如下：
工作日加班工资：10000元 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 8小时 × 150% = 740.11元
休息日加班工资：10000元 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 8小时 × 200% = 1655.22元
法定休假日加班工资：10000元 ÷ 21.75天 ÷ 8小时 × 8小时 × 300% = 2482.84元
总加班工资 = 740.11元 + 1655.22元 + 2482.84元 = 4878.17元
建议
企业在计算超时补贴时，应严格按照相关法律法规的规定执行，确保劳动者的合法权益得到保障。同时，企业也应合理安排工作时间，减少加班情况的发生，以维护良好的劳动关系。