处理员工擅自离职的问题，用人单位可以采取以下措施：
书面通知
限定员工在指定时间内回公司上班。
提出如限期内不上班的处理措施。
辞退
如果员工擅自离职符合严重失职、营私舞弊等情形，用人单位可以依据《劳动合同法》第三十九条解除劳动合同。
赔偿
根据《劳动法》第17条第2款和第90条的规定，用人单位可以要求员工赔偿因擅自离职造成的损失。
如果无法计算损失额，可以约定一个具体的索赔数额。
法律途径
如果员工不配合办理手续，用人单位可以依据规定办理解除劳动关系手续。
用人单位可以依法申请仲裁，要求员工承担相应的法律责任。
工资支付
员工擅自离职后，用人单位仍应支付员工至离职日为止的工资。
如果用人单位未支付，员工可以向劳动行政部门举报或直接申请仲裁。
工作交接
员工应当按照双方约定，办理工作交接。
记录保存
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
请根据具体情况采取相应的措施，并确保遵守当地劳动法规定。