支付员工的赔偿款入账方式如下：
确认赔偿款来源
确定赔偿款是因工伤赔偿款还是其他原因，如解除劳动关系补偿等。
记录赔偿款
在账本上记录预计要支付的赔偿金，作为公司的负债，并算作当期的费用。具体分录为：
借：管理费用-职工薪酬-辞退福利
贷：应付职工薪酬-解除职工劳动关系补偿
实际支付赔偿金
实际支付赔偿金时，应冲掉之前记录的“应付职工薪酬-解除职工劳动关系补偿”这笔账，并记录实际支付的金额。具体分录为：
借：应付职工薪酬-解除职工劳动关系补偿
贷：银行存款或现金
税务处理
根据相关税法规定，企业支付的工伤医疗费、各类补偿金及赔偿款可以在计算企业所得税前扣除。同时，工伤职工及其近亲属取得的工伤保险待遇免征个人所得税。
支付方式
赔偿款可以通过银行转账直接支付到职工个人账户，也可以先支付到单位账户再由单位转交给职工个人。
其他注意事项
如果赔偿金额较大，可以先计入长期待摊费用，在企业以后年度分期摊销。
赔偿款的支付应根据具体情况进行账务处理，确保符合相关会计准则和税法规定。
通过以上步骤，企业可以科学、合理地进行赔偿款的入账处理，确保资金的安全和有效率。