摩托车水车被扣的处理方式如下：
扣车 ：摩托车水车被查出后，交警会暂扣机动车。罚款
罚款金额通常在2000元至5000元之间。
如果驾驶人使用自己的摩托车驾驶证，会一次性扣除12分。
拘留
拘留期限一般在15日以内。
刑事责任
如果涉及走私行为，根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，可能会构成走私罪，面临刑事处罚。
其他处罚
使用伪造、变造的车牌和驾驶证，可能会被收缴相关证件，并处以拘留和罚款。
建议
合法合规：
建议遵守相关法律法规，不要购买或驾驶水车摩托车，以免造成不必要的法律后果。
及时处理：如果已经购买了水车摩托车，应尽快联系相关部门处理，避免车辆被长期扣留。
法律咨询：在处理此类问题时，建议咨询专业律师，了解具体的法律风险和应对措施。