代发工资的扣税流程通常遵循以下步骤：
确定工资薪金所得
工资薪金所得是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
计算应纳税所得额
应纳税所得额 = 工资薪金所得 - “五险一金”（社会保险和住房公积金）- 起征点（目前为5000元人民币）。
应用税率和速算扣除数
使用超额累进税率计算个人所得税。根据最新的税率表，确定适用的税率和速算扣除数。
计算应纳税额
应纳税额 = 应纳税所得额 × 适用税率 - 速算扣除数。
申报和缴纳
被代发人需要在财政部门进行申报，并缴纳相应的税款。
例如，如果某人的应发工资为10000元，扣除“五险一金”和起征点5000元后，应纳税所得额为5000元。根据税率表，这5000元属于第一档，税率为3%，速算扣除数为0。因此，该人应缴纳的个税为：
```
应纳税额 = 5000元 × 3% - 0元 = 150元
```
实际发放给该人的工资为：
```
实发工资 = 应发工资 - 五险一金 - 缴税 = 10000元 - 5000元 - 150元 = 4850元
```
请注意，税法可能会有更新，具体的税率和扣除标准请以最新的法律法规为准。