预付款的扣回通常遵循以下步骤和原则：
起扣点的确定
起扣点（T）的计算公式为：`T = P - M / N`。
其中，`T` 表示起扣点，即工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额；
`M` 表示工程预付款限额；
`N` 表示主要材料及构件所占比重；
`P` 表示承包工程合同总额。
扣款方式
可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣；
从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款，直至竣工前全部扣清。
合同规定
根据建设部《招标文件范本》的规定，在承包完成金额累计达到合同总价的10%后，承包人开始向发包人还款；
发包人从每次应付给承包人的金额中扣回工程预付款，并至少在合同规定的完工期前三个月将工程预付款的总计金额按逐次分摊的办法扣回。
特殊情况
对于工期较短、造价较低的工程，可能无需分期扣还预付款；
对于工期较长、跨年度的工程，预付款的占用时间较长，可以根据实际需要少扣或不扣。
法律依据
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二十条提供了处理工程量争议的法律依据。
请注意，预付款的扣回应遵循双方合同的具体约定，并考虑到工程的实际情况。