申请专利的流程通常包括以下几个步骤：
确定专利保护范围
明确秘方药或配方的成分、制备方法、使用方式等。
专利检索
在申请前进行专利检索，以确定是否有类似专利存在。
准备申请文件
包括申请书、说明书、权利要求书、摘要等。
说明书需详细描述秘方的所有成分、配比、制备方法、应用领域等。
权利要求书应明确秘方的独占权。
如有需要，提供图纸或照片。
提交申请
向国家知识产权局提交电子申请或纸件申请。
缴纳相应的申请费用。
专利审查
包括形式审查和实质审查。
实质审查评估秘方的新颖性、创造性和实用性。
获得专利权
如果通过审查，国家知识产权局将授予专利权并颁发专利证书。
请注意，根据《中华人民共和国专利法》的规定，疾病的诊断和治疗方法是不能申请专利的。对于中药秘方，通常需要将其研制成中成药后才能申请专利。
在整个申请过程中，建议寻求专业律师或专利代理机构的帮助，以确保申请材料的准确性和完整性，提高专利申请的成功率。