预付款的扣除通常遵循以下规则：
1. 起扣点的确定：
起扣点是工程预付款开始扣回时的累计完成工作量金额。
基本公式为：`T = P - M / N`。
其中，`T` 是起扣点，`P` 是工程的价款总额，`M` 是工程预付款限额，`N` 是主要材料及构件所占比重。
2. 扣款方式：
可以从未施工工程尚需的主要材料及构件的价值相当于工程预付款数额时起扣。
从每次结算工程价款中，按材料比重扣抵工程价款。
竣工前应全部扣清。
3. 其他考虑因素：
承包人完成的累计金额达到合同总价一定比例后，可以采用等比率或等额扣款的方式分期抵扣。
对于工期较短、造价较低的项目，可能无需分期扣还。
对于工期较长、跨年度的项目，预付款的占用时间可能很长，根据具体情况可以少扣或不扣。
以上规则是为了确保工程预付款合理地用于项目所需材料，并在项目进展到一定阶段时逐步回收，以保障双方的利益