南京医保报销流程如下：
参保登记
单位领取社会保险登记表及医疗保险申报软件，并提供相关证件和材料。
基金筹集
参保单位每月或每季度首月10日前到医疗保险经办机构缴纳医疗保险费。
门诊就医及IC卡的使用
患病时需持双处方本和IC卡，到定点医疗单位和定点零售药店就医购药。
使用IC卡前，需要先圈存，持卡人每月或每季可到市农行营业网点或定点医疗单位自助圈存机上进行个人帐户资金圈存。
使用时参保人可持处方和IC卡到定点单位POS机上划卡，医疗费从个人帐户资金中核减。
IC卡如有遗失，持卡人可持有效身份证件到市农行营业网点挂失，同时补办IC卡。
住院报销
入院或出院时都必须持医疗保险IC卡到各定点医疗机构医疗保险管理窗口办理出入院登记手续。
住院时个人先预交医疗费押金，出院结帐后多还少补。
报销时，个人支付部分，统筹基金支付。
零星报销
办理地点：南京市水西门大街71号2楼11-13号窗口。
办理材料：需提供医疗费用的医保票据（异地提供医疗费用票据）原件，并按申报费用类别分别提供相关材料（请自留复印件）。
办理流程：申请人递交材料 → 社会保险经办机构受理，审核申请材料 → 打印《南京市城镇职工基本医疗保险零星报销费用交接单》反馈申请人，完成报销。
办理时间：每月1至10日，遇法定节日顺延。
办理时限：30个工作日。
门诊慢性病和特殊病（门特）报销
参保人员门诊、住院就诊必须出示本人社保卡并刷卡就诊。
门诊须告知医院就诊类别（如门诊慢性病、门特），对未出示卡证或就诊类别告知不清的，参保职工就医时所发生的医疗费用，医保基金不予支付。
参保人员在定点零售药店购药，须出示本人市民卡，告知就诊类别（如门诊慢性病、门特），按有关政策刷卡购药，因特殊情况由他人代购药品时，须出示参保人员及代购人的身份证，并由药店登记备案。
建议：
参保人员应确保所有相关材料和证件齐全，并按照规定的流程进行报销申请。
对于异地就医的情况，建议提前了解并遵循异地就医医疗费用结算制度。
定期查看个人账户资金情况，确保及时圈存，以便顺利使用医保卡进行就医和购药。