在认缴制度下，缴纳印花税的方法如下：
税率：
认缴注册资本的印花税通常按照认缴资本的一定比例缴纳，这个比例是万分之五。
计算方式：
应纳印花税的计算公式为 `应纳数额 = 应纳税凭证记载的金额 × 适用税率`。
缴纳时机：
尽管公司实行认缴制，即在设立之初并不需要立即缴纳全部印花税，但公司必须在实缴资本到位后，根据实际收到的资本金额，按照上述比例缴纳印花税。
账务处理：
当实际收到资本注入时，会计账目应做如下处理：
```
借：税金及附加——印花税
贷：银行存款
```
法律依据：
相关的税务法规，如《税收征收管理法》和《国家税务总局关于资金账簿印花税问题的通知》，规定了印花税的征收原则和计算方法。
请根据公司的具体情况，按照上述规定计算并缴纳印花税。