套牌车辆被抓后，将依照《中华人民共和国道路交通安全法》进行处罚，具体处理方式如下：
扣留车辆：
套牌车辆将被公安机关交通管理部门予以收缴并扣留。
罚款：
驾驶人将被处以二千元以上五千元以下罚款。
拘留：
驾驶人将被处以十五日以下拘留。
记分：
驾驶人将被一次性记12分。
刑事责任：
如果套牌行为涉及其他违法犯罪，将面临更严重的刑事责任，可能包括有期徒刑、拘役、管制及罚金等。
申诉：
车主在发现车牌被套牌后，可以向交管部门提出申诉，并提供相关证据，以证明车辆并未套牌。申诉成功后，交管部门会开具车辆被套牌说明，并可能协助车主更换车辆牌号。
建议车主在发现车辆被套牌后，立即报警并提供相关证据，积极配合交警部门的调查，以减轻处罚。同时，车主也应加强自身防范意识，避免使用伪造或变造的机动车登记证书、号牌、行驶证等，以免触犯法律。