物流增值税的抵扣方法如下：
合法凭证
企业支付运输费用时，必须取得合法有效的增值税专用发票。
实际发生
运输费用必须是实际发生的，并且与企业的生产经营活动直接相关。
合理价格
运输费用的价格应当合理，符合市场行情和行业标准。
抵扣时限
抵扣时限应符合税收法规的规定，逾期将无法享受抵扣政策。
抵扣方法
网上认证：
使用电脑联网和扫描仪扫描增值税专用发票抵扣联，上传至国税机关进行认证。
信息填报：
填写承运人、纳税人识别号、实际受票方、收货人等信息。
计算公式
一般纳税人支付运输费用，可以根据运费发票所列运费金额乘以适用的扣除率计算抵扣进项税。
扣除率可能根据不同的时间、政策有所变化，例如2013年8月1日起，交通运输业一般纳税人适用11%的增值税税率。
法律依据
《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条。
注意事项
小规模纳税人支付的运费不能进行抵扣。
随同运费支付的装卸费、保险费等其他杂费通常不包括在运费金额中用于计算抵扣。
请根据最新的税法规定和实际情况进行操作，并咨询当地税务机关或专业税务顾问以获得最准确的指导