处理宠物店铺扰民问题可以采取以下措施：
与宠物店协商
首先尝试与宠物店主沟通，劝其妥善管理犬只，或采取一些措施控制噪音。如果店主不听劝解或沟通无效，可以采取进一步的法律行动。
向环保部门投诉
宠物店噪音扰民属于环保部门管辖范围，可以通过拨打环保部门热线12369进行举报。环保部门会进行噪声监测，确定其昼间噪声是否超标，并依据《声环境质量标准》进行处罚或要求限期改正。
报警处理
如果宠物店的行为严重干扰居民正常生活，可以拨打110报警。公安机关会出面处理，对行为人进行警告或罚款。
向居委会或派出所投诉
向辖区居委会或派出所投诉，他们会有记录，便于日后解决问题。
联合执法
对于拒不整改的业主，物业可联合相关执法部门进行联合执法处理，对宠物扰民问题进行严肃查处。
法律诉讼
可以直接向法院起诉，要求宠物店停止侵害、赔礼道歉、赔偿损失。
社区调解
通过社区调解委员会进行调解，寻求双方都能接受的解决方案。
在处理宠物店铺扰民问题时，建议先尝试与宠物店协商，如果无效再向相关部门投诉或报警。同时，可以寻求社区调解委员会的帮助，通过法律途径解决问题。