处理集装箱超重的方法如下：
船公司超重
补交超重费：与船公司协商，补交超重费用后，集装箱可以正常运输。
重新掏箱重装：如果船公司不给沟通机会，或者超重严重，可能需要掏箱重装。
提前沟通：为了避免超重问题，建议提前了解并确认船公司的重量限制政策。
港区超重
补交超重费和人工费：在进港时需要与港区协商，补交超重费用和人工处理费用，或者选择掏箱重装。
选择其他港口：如果超重严重到影响港口设备负荷，可能需要在附近港口卸货或原路返回。
目的港超重
支付罚金：在目的港超重在一定范围内，可以通过支付罚金解决问题。
重新调运：如果超重严重，吊机无法负荷，可能需要在附近港口调卸或原路返回。
建议
提前规划：在装货前，务必确认集装箱的重量，确保不超过船公司和港区的限重规定。
沟通与协调：一旦发现超重，立即与船公司和港区沟通，了解可能的解决方案，避免延误和额外费用。
选择合适的港口：如果需要在附近港口卸货，提前了解相关港口的限重规定，选择设备能够承受的超重集装箱。
通过以上方法，可以有效处理集装箱超重问题，确保物流计划的顺利进行。