运费增值税的计算方法主要取决于纳税人是 一般纳税人还是小规模纳税人，以及运费是否单独核算。以下是具体的计算公式和税率：
小规模纳税人
增值税应纳税额 = 运输服务不含税收入额 × 适用税率
适用税率为3%
一般纳税人
增值税应纳税额 = 当期销项税额 - 当期进项税额
进项税额计算公式：进项税额 = 运输费用金额 × 扣除率（7%或9%）
销项税额计算公式：销项税额 = 运费收入 / （1 + 适用税率） × 适用税率
适用税率为9%
特殊情况
如果运输费用是单独核算的，并且销售货物的同时提供运输服务，则按照11%的税率计算增值税。
承运方为运输企业时，运输企业应按照交通运输服务缴纳增值税，一般纳税人适用的税率为9%。
示例
假设一般纳税人收取的运费为100元，适用的增值税税率为9%：
不含税收入 = 100 / （1 + 9%） = 91.74元
销项税额 = 91.74 × 9% = 8.26元
假设一般纳税人支付的运费为100元，适用的增值税税率为9%，并且取得了增值税专用发票：
进项税额 = 100 × 9% = 9元
建议
企业应根据自身的纳税人身份和具体情况选择合适的税率进行计算。
取得增值税专用发票后，应及时进行进项税额的抵扣，以降低企业的税负。
希望以上信息能对您有所帮助。