重庆新生儿医保的办理流程如下：
办理独立参保
参保登记
本市户籍新生儿：通过“渝快办”手机App的“新生儿出生一件事”进行办理。
市外户籍新生儿：先办理居住证，然后通过医保部门线上或线下渠道办理参保登记。
缴纳费款
线上：通过“重庆税务”微信公众号、支付宝“重庆税务”生活号、“社保云缴费”微信小程序、云闪付等渠道缴费。
线下：到社保所、村委会（居委会）、办税服务厅等缴费。
随妈妈参保
自动纳入
如果妈妈当年已参加居民医保，宝宝自出生之日起可自动纳入参保（出生当年可不缴费）。
享受待遇
宝宝出生当年发生的医疗费用报销与母亲合并计算，直至最高封顶线。
注意事项
办理时需携带真实有效的证明材料，如准生证、父母身份证、结婚证、新生儿照片等。
办理时间通常在新生儿出生后90天内，超过此期限可能需要等待医保待遇等待期。
享受医保待遇的时间截止为当年12月31日。
请根据具体情况选择合适的办理方式，并确保在规定的时间内完成相关手续。