如果不签三方协议，可以采取以下几种处理方式：
与用人单位协商签订劳动合同
毕业生可以直接与用人单位协商，达成一致后签订劳动合同。劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份，生效后具有法律效力。
选择保管档案的方式
毕业生可以选择将档案寄回户口所在地的人才中心代为保管，或者由学校档案中心代为保管。如果签订了三方协议，则档案可以选择交给用人单位保管。
了解相关法律规定
根据《劳动合同法》和《普通高等学校毕业生就业工作暂行规定》，毕业生有权利选择是否签订三方协议，并且不签三方协议不会影响其就业权利。如果用人单位不签三方协议，毕业生可以依据《劳动法》的相关规定维护自己的权益。
注意违约后果
如果毕业生违约，除承担违约责任、支付违约金外，还可能造成其他不良后果。因此，在做出决定前，建议毕业生仔细评估违约可能带来的后果。
寻求法律帮助
如果毕业生在签订三方协议或劳动合同过程中遇到法律问题，可以寻求专业律师的帮助，依法维护自己的合法权益。
综上所述，不签三方协议并不会影响毕业生的就业权利，毕业生可以根据自身情况选择合适的处理方式，并在必要时寻求法律帮助。