一次性扣12分的违章处理程序如下：
缴纳违章罚款
首先需要到指定的违法罚款缴纳点（例如银行）缴纳罚款。如果交警在现场已经开具了罚单，则不需要带驾驶证，只需携带罚单即可。
申请补办驾驶证
扣完12分后，需要去自己附近的交管所申请补办驾驶证。在交管所，需要填写补办资料，并等待上课。
参加道路交通安全教育
驾驶人应当在十五日内到机动车驾驶证核发地或者违法行为地公安机关交通管理部门参加为期七日的道路交通安全法律、法规和相关知识的学习。
重新参加科目一考试
学习结束后，需要预约并参加科目一考试。考试合格后，记分将被清零，并发还机动车驾驶证。如果考试不合格，则需重新参加学习和考试。
领取证件
考试合格后，可以携带相关证明文件到交警大队领取机动车驾驶证。
总结起来，处理一次性扣12分的违章需要依次完成缴纳罚款、申请补办驾驶证、参加道路交通安全教育和重新参加科目一考试等步骤。在整个过程中，驾驶证将被暂时扣留，直至考试合格后才能领回。建议尽快处理违章事宜，以免影响正常驾驶。