物流公司纳税主要涉及以下几种税种及税率：
增值税
一般纳税人：陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务的税率为9%，仓储、配送及货运代理等物流辅助服务的税率为6%。
小规模纳税人：陆路（含铁路）运输、水路运输、航空运输和管道运输服务的税率为3%，仓储、配送及货运代理等物流辅助服务的税率为3%。
城建税
税率根据地区不同分别为7%、5%和1%。
教育费附加和地方教育费附加
教育费附加为3%，地方教育费附加为2%。
所得税
基本税率为25%。
符合小型微利企业条件的（年应税收入30万以下），减按20%征收。
国家重点扶持的高新技术企业，减按15%征收。
年应税收入10万以下的小型微利企业，按20%减半征收。
纳税方式及注意事项：
发票管理
物流公司必须使用税务机关认可的发票，并按规定开具。
纳税申报
物流公司需定期向税务机关申报税务，包括月度、季度和年度申报。
税收优惠政策
注册个体户可以享受核定征收政策，核定个税税率仅为0.5%—0.75%，加上增值附加1.06%，综合税率不到2%。
自然人代开政策适用于临时性合作的个人，如驾驶人员、搬运人员，通过自然人代开发票的方式解决成本票问题，综合税率低至2.9%。
建议：
物流公司应根据自身情况选择合适的纳税方式，如一般纳税人或小规模纳税人，以合法合规地降低税负。
利用税收优惠政策，如注册个体户或自然人代开，可以有效减轻税负压力。
定期进行税务申报，确保按时足额缴纳税款，避免因税务问题产生不必要的麻烦。