上海公积金的扣除方式如下：
缴存比例
国家规定公积金缴存比例均不得低于职工工资的5%，初始建立住房公积金制度的县（市）可适当低于此比例。
单位缴存比例最高可以提高到职工工资的15%，个人缴存比例可以提高到职工工资的10%。
月缴存额计算
住房公积金月缴存额 = 缴存基数 × 单位住房公积金缴存比例（计算到元，元以下四舍五入）+ 缴存基数 × 职工住房公积金缴存比例（计算到元，元以下四舍五入）。
缴纳流程
正式录用职工或新调入的职工在起用的三十日内到指定银行办理公积金账户的设立手续，并为已设立公积金个人账户的职工办理账户转移。
扣款方式
公积金扣款日为每月10号，如果10号扣不到则20号扣。
如果当月有新的公积金增员，最好在当月6号前录入员工信息，否则可能会影响扣款。
注意事项
住房公积金按照国家税收征收范围是不计入纳税基数的，缴存的住房公积金免征个人所得税，个人提取住房公积金也免征个人所得税。
建议：
职工应确保在每月扣款日前确认个人和单位公积金的缴存信息，以保证扣款顺利进行。
如果需要变更扣款银行或账户信息，应及时办理相关手续，以免影响扣款。