南京医保的补缴流程如下：
准备材料
用人单位或灵活就业人员需要准备相关材料，如《城镇职工医疗保险补缴申请表》、职工劳动合同复印件、工资表等。
递交材料
将准备好的材料递交至社会保险经办机构。
审核
社会保险经办机构对递交的材料进行审核。
录入信息系统
审核通过后，相关信息将被录入信息系统。
办理结果
办理完毕后，社会保险经办机构会盖章并返回结果。
办理时限及费用
办理时限为工作日即时办理（每月最后一天半的关门结算期除外）。
办理费用为免费。
办理地点
办理地点为用人单位参保登记所在市或区社会保险经办机构，例如南京市人力资源和社会保障局。
请注意，补缴医疗保险后，缴费年限会按照累计的方式进行计算，不会重新计算。此外，医保中断期间无法享受医保报销待遇，即使补缴后也无法报销断缴期间的费用。