办理港澳通行证签注的方法如下：
网上办理
申请人可以登录“国家移民管理局政务服务平台”进行在线申请，填写相关信息并选择受理公安机关，最后提交审核即可。
自助签注机办理
申请人可以前往就近的公安机关出入境管理窗口，在自助签注机上办理签注。需要将往来港澳通行证照片页条形码向上插入自助申请机读码，选择签注种类和次数并确定，如通过申请，请选择"保存"，系统将打印自助申请表和交费通知单。不符合自助申请条件的，系统将提示您到柜台申请。
现场申请
申请人可以前往公安机关出入境管理窗口，提交填写完整的签注申请表、本人居民身份证原件及复印件、有效的港澳通行证等材料，进行现场申请。需要注意的是，签注的有效期一般为1年，可以在有效期内多次使用。申请人可以根据自己的需求选择签注类型，如个人旅游、团队旅游、探亲等。
所需材料
本人有效的居民身份证原件及复印件。
户口簿原件及复印件（未满16周岁的人员需提供户口簿）。
填写完整的《中国公民出入境证件申请表》。
近期符合规定的照片。
港澳通行证。
根据不同签注类型，可能还需要提供其他相关证明材料，如旅游团行程单、亲属关系证明、工商营业执照副本、学校录取通知书等。
办理费用
签注费用：一次签注每个15元；二次签注每个30元。
工本费：100元。
拍照和快递费用大概50元左右。
办理时限
首次申请往来港澳通行证和签注，通常需要15个工作日。
再次签注，通过网上申请、电话申请、邮政代办、手机出入境连线、自助设备等渠道办理，一般需要7个工作日。
建议选择离自己最近和方便的办理方式，提前准备好所需材料，以确保顺利办理港澳通行证签注。