农用车超员的处理方式如下：
超载百分率小于5%
执法人员将不登记、不卸货、不赔偿、不处罚，但会进行教育放行。
超载百分率大于等于5%且小于等于20%
执法人员将进行登记，并要求当事人自行卸货分载，按准则交纳公路赔偿费，不进行处罚，但会给予警告教育。
超载百分率大于等于20%
将强制卸货，按限定缴公路赔偿费，并根据超限严重程度进行处罚，建议交警减分处置。
具体处罚金额和扣分
货运机动车超过核定载质量30%以上的，记6分，罚500元以上2000元以下。
驾驶三轮农用车，若超载一人（即加上车主一共乘座了三人），即使车主证件齐全且佩戴头盔，也会被处罚200元罚款，扣3分。
超载30%以上未达到50%的，罚款1000元，驾驶证记3分并暂扣驾驶证1个月，扣留车辆。
超载50%以上未达到100%的，罚款1500元，驾驶证记6分并暂扣驾驶证3个月，扣留车辆。
建议
遵守载重规定：农用车驾驶人应严格遵守车辆的载重规定，避免超载，以确保行车安全。
了解当地政策：由于各地处罚标准不一，驾驶人应了解并遵守当地的具体处罚政策。
及时整改：一旦发现超载行为，应立即采取措施进行整改，包括卸货、分载等，以避免更严重的处罚。
通过以上信息，驾驶人可以更好地了解农用车超员的处理方式和可能面临的后果，从而确保合法合规地使用农用车。