股票手续费的扣除方式通常如下：
佣金费用：
这是由证券公司收取的费用，按照成交金额的一定比例计算，但最高不超过成交金额的千分之三，单笔最低为5元，买卖双向收取。
印花税：
这是由国家征收的费用，按照股票成交金额的0.5‰来收取，只有在你卖股票的时候才收取，它是单边征收的。
过户费：
这是由交易所收取的费用，按照成交金额的一定比例计算，但最高不超过成交金额的千分之三，单笔最低为5元，买卖双向收取。
手续费在股票成交的同时从交易金额中扣除，不需要投资者手动计算。投资者可以通过交割单查询手续费的费用。
需要注意的是，不同证券公司的具体佣金费率可能不同，且手续费的计算可能因券商和交易平台而异。