农村合作医疗的报销流程如下：
在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构
参保患者凭本人医疗卡和有效身份证，经确认身份后，可以直接刷卡报销。
在区内及区外市内定点医疗机构住院
参保患者在出院结账时可以直接刷卡报销。
在市外二级及二级以上公立医疗机构医院住院治疗
参保患者应在出院后三个月内，携带医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、医疗卡、户口本、门诊病历、经办人身份证等材料，到县区行政服务中心一楼新农合窗口报销医药费用。
特殊病种门诊报销
参保患者可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病历及相关检查报告资料以及《新农合特殊病种门诊治疗审批表》，向新农合业管中心提出申请，经审核批准后的门诊医药费用可以列入新农合的报销范围。
因意外伤害住院
出院后需要提交意外伤害引发的原因证明和医院的病案记录，无法提供有效证明和记录的，不予受理。资料提交后，新农合窗口受理并在30个工作日内完成审核，情况属实后予以报销。
建议
提前准备资料：患者在出院前应准备好所有必要的报销资料，包括医药费用原始发票、住院医药费用汇总明细清单、出院小结、医疗卡、身份证等。
选择合适的报销渠道：根据患者所在地区的具体规定，选择直接在定点医疗机构刷卡报销或在出院后到新农合窗口报销。
注意报销时限：特别是对于市外就医的情况，患者应在出院后三个月内完成报销手续，以免影响报销进度。
通过以上流程和注意事项，患者可以顺利完成农村合作医疗的报销。