农保住院报销流程如下：
选择定点医疗机构
患者需要选择当地的定点医疗机构进行就诊，这些机构与医保系统有直接结算协议，方便报销。
预付费用
在就诊前，患者需携带身份证、医保卡和相关证明材料，向医院告知自己是农村医保患者，以便医院进行预付部分费用。
住院治疗
患者在入院时需向定点医疗机构提供合作医疗证、身份证，并向医院足额交付住院押金。
定点医院工作人员应将患者的各种住院信息和每日所用治疗和药品明细及时录入。
出院结算
患者出院结算后，再由合作医疗办事处专职人员按合作医疗有关规定进行审核、计算出应予补偿金额，并由就诊医院先行垫付补偿金支付给患者，同时在合作医疗管理系统上进行登记。
提交报销材料
参保者出院后需将住院发票、费用清单、出院记录和身份证交到本乡镇合管所进行审核。
审核通过后，将申请送到市农保业务管理中心。
报销医疗费用将转入参保人指定的账户中。
特殊病种门诊报销
特殊病种门诊报销可持二级及二级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，可按照住院报销标准以年度为单位进行报销。
意外伤害住院报销
因意外伤害的住院患者，出院后需要提交有户口所在村（居）签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。一旦经过新农合调查、审核之后，一旦属实则予以报销。
报销申请与审批
患者将报销材料提交至村卫生室或乡镇卫生院，由工作人员进行审核。
审核通过后，相关部门会对符合条件的报销项目进行计算，并通知个人。
资金领取
收到报销款后，按照指定方式（银行转账或现金）领取。
建议：
患者在就诊时务必选择定点医疗机构，并提前了解相关报销政策和所需材料，以确保顺利报销。
对于特殊病种和意外伤害的情况，患者需及时提交相关证明材料，以便顺利享受报销待遇。