在建工程的增值税抵扣遵循以下规定：
分期抵扣规定
适用一般计税方法的纳税人，在2016年5月1日后取得并在会计制度上按固定资产核算的不动产或不动产在建工程，其进项税额应自取得之日起分2年从销项税额中抵扣。
第一年抵扣比例为60%，第二年抵扣比例为40%。
支出金额计算
支出金额按工程各项支出之和计算。
对于改建、扩建、修缮、装饰不动产并增加不动产原值超过50%的支出，进项税额分2年抵扣。
竣工决算前进项税额的处理
竣工决算前取得的进项税额，先按工程预算金额计算是否超过不动产原值50%。
待工程竣工决算后再调整前期税务处理。
增值税抵扣情形
建设单位购买材料，如果有相关财务凭证或购买者有纳税义务，可以抵扣增值税。
工程领用生产用原材料，原进项税不用转出，只结转领用材料的成本。
工程领用本企业生产的产口，不需要计算销项税额，只结转库存商品成本。
不得抵扣的情形
用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额不得抵扣。
非正常损失的购进货物及相关劳务和交通运输服务的进项税额不得抵扣。
其他注意事项
在建工程中，如果领用原材料，进项税额不用转出。
如果领用自产产品，应视同销售，按规定计提销项税额。
新税法规定，在建工程增值税进项税额不可以抵扣。
用于动产建设的工程物资，如机械设备等，进项税可以抵扣；用于不动产建设的工程物资，进项则不可抵扣。
请根据具体情况，结合最新的税法规定和公告，进行增值税抵扣操作。