管理合同档案的方法可以总结如下：
集中上传与集中管理
由档案管理员、法务、行政人员集中录入归档，完成纸质合同从著录、扫描、上传到归档储存的一体化录入。
分布上传与集中管理
相关人员在各地扫描上传，再由档案员集中管理，这种方式适用于业务量大、业务分散的企业组织。
分类编号
合同文档管理可以以年代结合项目性质进行分类编号，便于查询和管理。
定期清理与核对
保存的合同文档每半年清理核对一次，如有遗失、损毁，要查明原因，及时处理，并追究相关人员责任。
统计工作
合同管理组要加强对合同档案的统计工作，编制合同统计清单，以便有效地开展合同文档的查询、利用工作。
检索工具
根据实际需要编制合同档案检索工具，以便有效地开展合同文档的查询、利用工作。
电子台账
建立电子台账，记录合同基本信息，并根据合同执行过程及时录入相关数据，便于把控合同执行过程。
扫描电子版
将文件登记台账后，扫描成电子档，方便查阅、打印、调用。
规范化整理
按照公司规定或相关标准对归档文件进行规范化整理，确保档案的完整性和可靠性。
合同审批与履行监控
明确合同审批程序和相关人员的职责，确保合同的合规性和有效性，并建立合同履行监控机制，定期检查合同的履行情况。
合同变更和终止
规定合同的变更和终止程序，明确相关人员的职责和权限，确保变更和终止的合法性和合规性。
备份和保管
对重要合同进行备份和保管，以防合同遗失、损毁或争议。
合同查询和报表
建立合同查询和报表制度，方便各级管理人员和相关人员进行查询和报表的生成。
档案借阅
各分公司、各部门员工可在合同档案管理组查阅合同文档，确因工作需要须借出查阅，须经分公司、部门主管领导签字同意后，方可在合同管理组办理相关借阅手续。
档案保存条件
合同文档的保存条件应满足防火、防潮等要求，确保档案的长久保存。
专人管理
合同文档必须专人负责管理，确保档案的安全和完整。
通过以上方法，可以有效管理合同档案，确保合同资料的完整性和可追溯性，为企业的业务发展提供有力的法律支持和保障。