车辆变更颜色的处罚主要依据《机动车登记规定》第五十六条，具体处罚如下：
未办理变更登记：
对于改变车身颜色、更换发动机、车身或者车架，未按照规定办理变更登记的，由公安机关交通管理部门处警告或者二百元以下罚款。
未及时备案登记：
改变车身颜色后，如果未按照规定的时限办理变更登记，公安机关交通管理部门将处以警告或者200元以下的罚款。此外，车主需要在车身颜色变更后的十天内，向车管所申请备案，以避免受到处罚。
轻微违法行为：
如果私自更改车身颜色的情况比较轻微，可能会被警方进行口头警告。
严重违法行为：
如果私自更改车身颜色的行为情节较重，可能会被处以暂扣机动车驾驶证的处罚，处罚时间一般在两个月到六个月不等；在特别严重的情况下，可能会被扣留机动车，扣留时间一般在数天到数月不等，同时需要缴纳相应的拖车、保管费用。
建议
为了确保合法合规，车主在改变车辆颜色后，应及时向车管所申请变更登记，并在变更后的十天内完成备案。这样可以避免因未办理变更登记而面临的法律处罚。