处理店铺转让纠纷的方法主要包括以下几种：
协商
双方当事人首先尝试通过友好协商解决问题，明确表达自己的意愿和诉求，寻求共同认可的解决方案。
人民调解
如果协商不成，可以请求人民调解委员会介入，在调解员的主持下达成调解协议。
民商事仲裁
若双方事先有仲裁协议或仲裁条款，可以根据协议向有管辖权的仲裁委员会申请仲裁。
诉讼
当协商和调解均无法解决纠纷时，可以向人民法院提起诉讼，通过司法程序解决争议。
在处理过程中，应保留好相关证据，如转让协议、支付凭证、通信记录等，以便在必要时使用。同时，考虑到成本、时间和效果等因素，选择最合适的解决方式