工程结算的收费方式主要根据工程规模、复杂程度、市场行情以及合同约定来确定。以下是一些常见的收费方式及相关要点：
按比例收费
以工程结算金额为基数，按照一定的比例收取费用。
比例通常在1%-3%之间，具体比例会根据工程的规模、复杂程度及市场行情有所调整。
固定收费
无论工程结算金额大小，均收取固定的费用。
固定收费金额通常在几千元到几万元不等，适用于规模较小、较为简单的工程。
协商收费
根据工程的具体情况，由双方协商确定收费金额。
这种方式较为灵活，可以根据工程的特点和双方的意愿进行调整。
工程结算审核费用标准
造价咨询服务费不足5000元时，按5000元收取。
根据项目管理和技术的复杂程度和难度，可以计算出1.1至1.3的复杂系数难度调整系数，简单工程可计算复杂系数，难度调整系数为0.7至0.9。
工程材料、设备是否计入控制价、结算价格等，应计入收费基数。
基本审计费和审减（增）额审计费
基本审计费按单项工程总投资额计取，不管有无审减（增）额都的计取，是保底的。
审减（增）额审计费按审减（增）额减允许额的余额计取。例如，100万投资额的工程，审减额为8万，其中允许差额为5万，审减余额为3万，审计额费率为6‰，则总费用为0.6万+0.15万=0.75万。一般基本审计费由投资方出，审减（增）余额审计费由编制方出。
工程决算审计收费
基本收费一般定为建设单位送审总造价的0.1-0.3%左右。
追加收费一般定为中价机构审减金额的4-9%左右。
审计服务费用由建设单位支付，在工程投资中单独列支。
在进行工程结算时，建议综合考虑以上几种收费方式，并根据具体工程情况、市场行情以及双方协商来确定最终的收费标准，以确保双方的权益得到保障。