花呗分期支付的扣款方式如下：
一次性扣除全款
当用户选择花呗分期付款时，系统会一次性将消费额度从用户的花呗额度中扣除。
扣除后，系统会根据用户选择的分期期数，将扣除的额度自动分配到每期的还款中。
自动扣款
在还款当日，系统会自动启动扣款程序，依次从用户的余额、支付宝绑定的借记卡、余额宝中扣款。
如果用户未能在还款日前足额还款，将会产生逾期费用，并可能影响个人征信记录。
手续费处理
花呗分期每笔交易都会产生分期手续费，商户可以选择由用户或自己承担（无法共同承担）。
商户和用户选择不同的分期期数时，所需支付的费率不同，具体费率可参考花呗官方发布的费率表。
还款计划
用户在分期还款期间，需要按照系统分配的还款额度进行每期还款。
每期还款不仅包括消费本金，还可能包括按月计算的利息。
综上所述，花呗分期支付是通过一次性扣除全款的方式进行，系统会在还款日自动从用户的多个账户中扣款，用户需确保账户中有足够的资金以按时还款，避免产生逾期费用和信用损失。