跨市农村合作医疗的报销流程通常包括以下几个步骤：
申请异地就医
参保人员需先到参保地的医保中心提出异地就医申请，并领取一式三份审批表，在异地医保定点医院的医保办公室盖章。
备案
凭结算票据、每日清单等到参保地医保中心备案。
准备报销材料
异地就医医院出具的出院小结、发票、用药明细表。
本人身份证、医保卡、单位出具的异地就医证明（如果适用）。
本地医院出具的转院证明，需主治医师开证明并由科主任签字。
报销
携带以上资料到当地医保处办理报销，通常情况下，当天就可以拿到报销款项。
注意事项
异地就医回当地报销的比例通常比在当地就医少报10%，如果没有本地医院出具的转院证明，则可能少报20%。
如果参保地与就医地实现了医保联网结算，参保人员可以直接在就医地刷医保卡就医，医疗费用将直接结算。
对于急诊或者有特殊情况的患者，可以电话或现场办理临时外出就医备案登记。
请根据您所在地区的具体政策和流程进行操作，因为不同地区可能有细微差别。