如果付款凭证丢失了，可以采取以下步骤处理：
确认凭证丢失
检查是否真的丢失，有时候可能是放在不显眼的地方了。
联系对方
尽快联系收款方，告知他们凭证丢失的情况，并请求他们提供相应的证明。
重新打印
如果可能，尝试重新打印一份付款凭证，确保内容与原凭证一致。
补充证明
如果无法重新打印，准备其他可以证明付款行为的文件，如银行转账记录、支票存根等。
填写报告
向财务部门或公司领导汇报凭证丢失的情况，并按照公司规定填写相应的报告。
保存证据
将所有与付款相关的证据文件妥善保存，以备不时之需。
根据《会计基础工作规范》的规定，若企业付款时发现原始凭证丢失，则应当取得原开出企业盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办企业会计机构负责人、会计主管人员和企业领导人批准后，代作原始凭证进行入账。
如果是从外单位取得的原始凭证丢失，应当取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，才能代作原始凭证。
建议尽快采取上述措施，以确保财务处理的准确性和合法性。